Identifikasi dan Karakterisasi Strain Mycobacterium tuberculosis Dari Isolat Dahak Pasien Tuberkulosis Paru Di Indonesia (Tahap III)

Lisdawati, Vivi and Gitawati, Retno and Sukmawati (2010) Identifikasi dan Karakterisasi Strain Mycobacterium tuberculosis Dari Isolat Dahak Pasien Tuberkulosis Paru Di Indonesia (Tahap III). Project Report. Pusat Penelitian dan Pengembangan Bio Medis dan Farmasi.

Preview

Text 66a BMF - IDENTIFIKASI dan KARAKTERISASI STRAIN Mycobacteri.pdf Download (22MB) | Preview

Abstract

Identifikasi dan karakterisasi Mycobacterium tuberculosis (Mtb) di Indonesia merupakan salah satu upaya untuk mengoptimalisasi sensitifitas dan spesififitas diagnostik molekular TB di Indonesia. Uji Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) dan deteksi mutasi di gen rpoB termasuk metode diagnostik molekuler yang telah direkomendasikan WHO sebagai alternatif diagnostik TB konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan primer diagnostik LAMP dari gen gyrB Mtb H37Rv dan primer diagnostik resistensi dari gen rpoB Mtb spp. dengan menggunakan data epidemiologi molekuler Mtb di Indonesia. Penelitian merupakan penelitian laboratorium eksperimental dengan desain potong lintang. Empat ratus tiga puluh tujuh DNA Mtb yang berasal dari spesimen dahak pasien suspek TB dengan BTA positif dari 16 ibukota propinsi di Indonesia, diuji spoligotyping di laboratorium Bakteriologi dan Biomolekular, Pusat 1-Balitbangkes dan MIRU-VNTR di laboratorium TB Lembaga Biologi Molekuler Eijkman. Hasil kemudian dibandingkan dengan the fourth international spoligotyping database (SpolDB4). Kontrol mutu eksternal dilakukan di Departemen Patologi Klinik, RSHS-Bandung. Dendrogram Mtb disusun di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman (BioNumerics v6.0). Uji resistensi dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi, Pusat 1-Balitbangkes dengan kontrol mutu di Balai Besar Laboratorium Kesehatan (BBLK)-Surabaya, sementara pengembangan primer diagnostik resistensi dari gen rpoB Mycobacteria spp dilakukan di Laboratorium Biomolekular, RSHS-Bandung. Uji optimasi LAMP dan sekuensing untuk mengidentifikasi daerah highly conserved pada gyrB Mtb sampel dan desain primer LAMP (Primer Explorer V3 EIKEN-Genome site) dilakukan di Laboratorium Biomolekular, Pusat 1-Balitbangkes, yang dilanjutkan dengan optimasi primer LAMP Indonesia pada serial larutan DNA Mtb H37Rv dan DNA sampel Mtb. Studi epidemiologi molekular menunjukkan bahwa tipe galur Beijing merupakan mayoritas tipe Mtb di wilayah Jawa, Sumatera dan Kalimantan sementara tipe Mtb famili EAI dan LAM mayoritas di wilayah Timur Indonesia. Pola resistensi Mtb menunjukkan lebih kurang 70% kuman masih suseptibel dengan Obat Anti Tuberkulosis (OAT) lini I dimana primer TR8 dan primer TR9 dari gen rpoB Mycobacterium spp dapat mengamplifikasi Mtb sampel baik yang mutasi maupun yang tidak serta berhasil diperoleh protokol kerja teroptimasi. Terdapat sekuens highly conserved di daerah nt 1098-1394 gen gyrB Mtb dalam sampel penelitian dengan prototipe primer LAMP Indonesia yang berasal dari salah satu sekuens DNA sampel berada di daerah nt 1097-1298 gyrB Mtb. Uji optimasi menunjukkan primer Indonesia mampu mengamplifikasi hingga [100] fg/ul DNA Mtb H37Rv dan sensitifitas uji pada sampel pasien TB dengan BTA positif (positivity rate) adalah 97,6% (82/84). Hasil membuktikan tingginya diversitas genotipe Mtb di Indonesia dengan mayoritas galur Mtb berbeda di Sumatera, Kalimantan dan Jawa dibanding di wilayah Timur Indonesia. Adanya pola resistensi MDR yang cukup tinggi terhadap Mtb yang bersirkulasi meski sebagian besar masih septibel serta berhasil dikembangkan Primer LAMP desain Indonesia yang terbukti memiliki sensitifitas uji lebih tinggi dibanding primer set komersial dan mampu mengenali seluruh genotipe Mtb yang ada.

Actions (login required)

View Item