Corynebacterium diphtheriae merupakan agen penyebab penyakit difteri.. Faktor virulensi utama C. diphtheriae adalah toksigenisitas (kemampuan memproduksi toksin) bakteri toxin. Produksi toksin diatur seperangkat gen yang disebut gen tox/dtx dan diregulasi oleh gen dtxR. Gold standard untuk pemeriksaan toksigenisitas C.diphtheriae adalah dengan metode konvensional (Elek test, Guinea pig dan vero cell cytotoxigenicity),namun Elek test mempunyai variasi hasil yang cukup beragam, membutuhkan waktu yang cukup lama, serta masalah ketersediaan reagen standard. Di sisi lain pemeriksaan dengan hewan coba banyak ditentang oleh para pecinta satwa. Sementara itu, pemeriksaan dengan vero cell membutuhkan biaya yang sangat tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi gen dtx dan dtxR sebagai marker deteksi C.diphtheriae sekaligus pemeriksaan toksigenisitas bakteri menggunakan PCR Multipleks. Jumlah sampel penelitian sebanyak 44 isolat, termasuk 22 C.diphtheriae (4 strain referensi dan 18 isolat klinik), 5 spesies lain Corynebacterium (strain referensi) dan 17 isolat non-Corynebacterium (10 strain referensi dan 7 isolat tersimpan). Semua sampel dilakukan pemeriksaan menggunakan PCR Multipleks dengan 2 pasang primer yang mempunyai target gen dtx dan dtxR Hasil penelitian menunjukkan bahwa Gen dtx dan dtxR dapat digunakan sebagai marker (gen target) dalam metode deteksi dan pemeriksaan toksigenisitas C.diphtheriae menggunakan PCR Multipleks sehingga menjadi alternatif metode diagnosis difteri yang cepat dan akurat