Malaria masih menjadi masalah kesehatan di Kabupaten Sumba Tengah, Nusa Tenggara Timur. Selama beberapa dekade terakhir resistensi obat telah dengan cepat menjadi masalah utama malaria di wilayah NTT termasuk Kabupaten Sumba Tengah. Masalah pengendalian malaria diduga tidak hanya dipengaruhi oleh resistensi obat anti malaria (OAM) dan gen tertentu pada P. faciparum tetapi juga oleh banyaknya variasi alel Plasmodium. Untuk itu perlu dilakukan penelitian epidemiologi molekuler pada P. falciparum dengan menggunakan lokus gen Merozoit Surface Protein 1, 2 (MSP1 - MSP2) dan Glutamate Rich Protein (GLURP), yang bertujuan mengidentifikasi keragaman genetik penyandi Plasmodium falciparum di Kabupaten Sumba Tengah. Metode pemeriksaan yang digunakan adalah nested polymerase chain reaction (PCR) terhadap masing-masing lokus gen secara terpisah. Dari 50 darah segar penderita terinfeksi P. falciparum, masing-masing lokus gen MSP 1, MSP 2 dan GLURP yang dapat diidentifikasi sebanyak 38%,12% dan 10%. Ketiga lokus gen hanya ditemukan pada 38 % (19/50) sampel positif. Teridentifikasi 7 alel pada masing-masing lokus gen yaitu pada MSP 1 ditemukan 3 kelas alel (15,8%), MSP 2 ditemukan 4 kelas alel (21,1%) dan GLURP ditemukan 3 kelas alel (15,8%). Infeksi multigenotip yang ditemukan pada penderita infeksi P. falciparum dan MSP 2 adalah lokus gen penyandi P. falciparum yang beragam kelas alel. Kesimpulan telah terjadi infeksi multigenotip di lokasi penelitian.