Penanggulangan malaria masih banyak menemui kendala walaupun berbagai upaya telah dilakukan. Salah satu kendala yang menyulitkan dalam pengendalian vektor adalah adanya spesies kompleks pada populasi nyamuk vektor. Spesies kompleks merupakan contoh diversitas genetik. Anopheles balabacensis dilaporkan sebagai spesies kompleks di berbagai negara, akan tetapi belum banyak dilaporkan di Indonesia. Penanggulangan malaria agar lebih efektif perlu adanya perbaikan dan pendekatan strategi dalam pengendalian vektor, termasuk sangat diperlukan adanya pemahaman terhadap spesies dan bioekologinya. Tujuan penelitian adalah untuk : a). Mengidentifikasi secara molekuler nyamuk An. balabacensis yang dicurigai sebagai spesies kompleks berdasarkan sekuen ITS2 DNA ribosom, b). Mengetahui diversitas genetik nyamuk An. balabacensis dari daerah endemis dan non endemis dengan jarak geografis yang berbeda, c). Mengetahui kekerabatan genetik (jarak taksonomi) nyamuk An. balabacensis dari berbagai daerah di Indonesia dengan merekonstruksi pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa An. balabacensis di Indonesia merupakan spesies kompleks simpatrik dan allopatrik. Ada perbedaan kekerabatan genetik yang cukup jauh diantara populasi An. balabacensis di Pusuk Lestari, wilayah Puskesmas Meninting, Lombok Barat, NTB yang merupakan simpatrik kompleks. Berdasarkan hubungan kekerabatan An. leucosphyrus group, An. balabacensis dari Berjoko, Kabupaten Nunukan menunjukkan kecenderungan terpisah cukup jauh dibandingkan dengan An. balabacensis kompleks lainnya yang berasal dari Jawa Tengah dan Lombok, NTB