Toxoplasma gondii dapat menyebabkan penyakit toksoplasmosis pada manusia. Indonesia sebagai negara beriklim tropis sangat sesuai untuk perkembangan parasit ini. Penyakit bersifat akut dan kronik, dengan gejala ringan bersifat tidak spesifik sehingga sulit dibedakan dengan penyakit lain atau sering tanpa gejala. Insiden Human Immunodeficiency Virus (HIV) menduduki tempat tertinggi di Asia dengan morbiditas dan mortalitas yang tinggi. Toksoplasma menduduki peringkat 10 besar penyakit oportunistik sebagai penyebab langsung morbiditas dan mortalitas, dengan gejala yang bervariasi dan reaktivasi. Umumnya sampel diambil dengan tindakan invasif, sehingga pemilihan sampel urine dapat menjadi alternatif yang bersifat non invasif. Tujuan penelitian mendeteksi Toksoplasma gondii dari sampel urine pasien HIV/Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS) dengan desain penelitian adalah potong lintang. Sampel diperiksa di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) Cikini Jakarta Indonesia. Dengan menggunakan real-time polymerase chain reaction (RT PCR) didapatkan hasil dari 30 sampel, sebesar 7 sampel (23,3%) positif T. gondii, selain itu juga tidak ditemukan adanya hubungan yang bermakna diantara jenis kelamin, umur, lama sakit, hitung CD4, pengobatan antiretroviral, riwayat kotrimoksazol, dan peyakit penyerta.