Studi In Silico Senyawa Fenolik Madu sebagai Kandidat Inhibitor Mpro SARS-CoV-2

Ferdian, Pamungkas Rizki and Elfirta, Rizki Rabeca and Ikhwani, Azra Zahrah Nadhirah and Kasirah, Kasirah and Haerul, Haerul and Sutardi, Dodi and Ruhiat, Gunawan (2021) Studi In Silico Senyawa Fenolik Madu sebagai Kandidat Inhibitor Mpro SARS-CoV-2. Media Penelitian dan Pengembangan Kesehatan, 31 (3). pp. 213-232. ISSN 0853-9987

Text 213 - 232 M03-2021.pdf Download (1MB)

Abstract

SARS-CoV-2 menyebabkan pandemi COVID-19 secara global sejak akhir 2019 dan kasusnya dilaporkan belum berakhir sampai saat ini. Salah satu cara untuk mengatasi pandemi COVID-19 diantaranya dengan menemukan inhibitor main viral protease (Mpro) SARS-CoV-2 yang merupakan enzim kunci pada replikasi virus. Madu merupakan produk turunan lebah yang mengandung berbagai senyawa fenolik dan memiliki aktivitas antivirus. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dari senyawa fenolik madu menggunakan simulasi penambatan molekuler secara terarah. Sebanyak 27 ligan uji (dari senyawa fenolik madu), 4 ligan pembanding (dari senyawa antiviral sintetik), dan ligan acuan (senyawa N3) diskrining karakternya sebagai senyawa obat dengan aturan Lipinski dan toksisitasnya dengan admetSAR. Semua ligan ditambatkan ke reseptor Mpro SARS-CoV-2 kode 7BQY menggunakan AutoDock Tools 1.5.6 dan Autodock Vina dengan pusat koordinat: X= 10,398; Y= -1,254; Z= 23,473 dan ukuran kisi: X= 40; Y= 46; Z= 40. Simulasi penambatan molekuler menghasilkan data energi afinitas dan interaksi molekuler. Hasil penelitian menunjukkan kandidat inhibitor Mpro SARSCoV-2 terbaik dari senyawa fenolik madu adalah genistein karena memenuhi semua aturan Lipinski, tidak toksik, bukan karsinogen, memiliki energi afinitas -7,6 kKal/mol, kemiripan 80% dengan ligan acuan N3, dan menempati 63,64% area cakupan penambatan. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan dalam penelitian selanjutnya, baik secara in vitro maupun in vivo.

Actions (login required)

View Item