Penggunaan bahan obat tradisional untuk skala industri dan peningkatan produksi tanaman obat dalam skala besar menjadi tidak ekonomis tanpa penggunaan pestisida, sehingga tanaman obat yang ditanam/dibudidaya cenderung dapat terkontaminasi oleh pestisida yang digunakan dan kemungkinan masih ada residu pestisida dalam bahan obat tradisional di tanaman. Toksisitas pestisida dapat terjadi
terhadap hama tanaman namun juga terhadap manusia, sehingga residu pestisida dalam tanaman obat yang dikonsumsi dalam jangka lama akan beresiko bagi kesehatan manusia. Batas Maksimum Residu (BMR) pestisida dalam bahan obat tradisional baik di Indonesia maupun negara lain belum ditetapkan. Sehingga untuk
itu perlu dilakukan penelitian penetapan residu pestisida pada keempat obat tradisional dan membandingkan kadar residu secara langsung terhadap ADI yang ditetapkan WHO dan dengan adanya ADI maka penetapan batas keamanan residu dalam obat tradisional dapat dihitung. Pengujian residu dilakukan terhadap 3 golongan pestisida (organoklorin, organofosfat dan karbamat ) pada 4 jenis bahan obat tradisional yang berasal dari 3 lokasi penanaman yaitu : perkebunan Tanaman Obat Manako (Jawa Barat), Balai Penelitian Tanaman Obat (BPTO) Tawangmangu (Jawa Tengah ) dan Perkebunan Tanaman Obat Purwodadi (Jawa Timur). Untuk pemeriksaan residu organoklorin dan organofosfat menggunakan kromatografi gas dan pemeriksaan karbamat menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT).
Dari hasil pengujian residu pestisida golongan organoklorin bahan obat tradisional daun wungu Tawangmangu mengandung residu Lindan dengan kadar 0,24 mg/kg, pegagan yang berasal dari perkebunan Purwodadi mengandung lindan 0,36 mg/kg dan aldrin 0,31 mg/kg serta pegagan yang berasal dari perkebunan
Manako mengandung heptaklor 0, 15 mg/kg dan op-ODE 0, 11 mg/kg, sedangkan hasil pengujian dari residu pestisida golongan organofosfat dan karbamat tidak terdeteksi pada 11 bahan obat tradisional. Adapun penetapan BMR dapat dihitung untuk jenis pestisida heptaklor dan lindan dengan asumsi rata-rata konsumsi jamu bungkus (sachet) dengan pemakaian 2 kali sehari selama 2 bulan, sehingga diperkiraan banyaknya konsumsi 1, 186 gram/hari, maka diperoleh BMR heptaklor 0,05 gram/Kg dan lindan 0,5 gram/Kg. Untuk jenis pestisida lain yang positif tidak dapat dihitung karena tidak ada nilai ADI. Pola konsumsi jamu yang sebenamya di masyarakat belum ada, sehingga perlu dilakukan survey pola konsumsi obat
tradisional dimasyarakat untuk mendukung penetapan BMR pada simplisia.