Diare akut dapat disebabkan oleh infeksi dan non infeksi. Diare karena infeksi dapat disebabkan oleh infeksi bakteri, parasit, dan virus, namun infeksi yang sering terjadi biasanya disebabkan oleh bakteri. Diare akut pada anak umumnya disebabkan Rotavirus . Bakteri yang dapat menyebabkan diare akut adalah Campylobacter jejuni, Salmonella spp, Shigella spp, Staphylococcus aureus, Vibrio cholera, Escherichia coli (Enterotoxigenic, Enteroinvasive, Enteropathogenic, Enterohaemorrhagic), Bacillus cereus, Vibrio parahaemolyticus, Bacteroides faragilis, Aeromonas spp, dan Plesiomonas spp. Parasit yang menyebabkan diare akut antara lain Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, dan Cryptosporodium parvum. Giardia lamblia dan Cryptosporodium menyebabkan disentri..
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi virus, parasit, bakteri dan analisis resistensinya terhadap antibiotik serta karakterisasi rotavirus penyebab diare pada anak usia balita di Indonesia. Hasil penelitian diharapkan dapat digunakan sebagai sumber dasar kebijakan program pengendalian dan pengobatan diare pada anak usia balita di Indonesia. Pemeriksaan yang dilakukan meliputi pengumpulan data melalui formulir untuk menggali faktor resiko kejadian diare, kultur dan identifikasi bakteri, uji resistensi antibiotik, pemeriksaan mikroskopik parasit, PCR multiplek bakteri dan virus, PCR E. Coli patogen, dan genotipik Rotavirus.
Dari penelitian di dapatkan hasil 1). Jumlah responden yang dikumpulkan datanya adalah 1424, 2). Kuesioner kunjungan 30 hari sebagian masih dalam proses atau rencana kunjungan, 3). Hasil kultur untuk isolasi bakteri paling banyak didapatkan Camphylobacter jejuni dan Shigella spp, 4). Camphylobacter jejuni memiliki persentase resisten tertinggi terhadap beberapa antibiotik seperti ciprofloxacine (65%), aztreonam (100%), ceftriaxone (88%), nalidixid acid (65), trimethoprim (100%), dan ceftazidim (59%), 5). Parasit yang terbanyak diidentifikasi adalah Ascharis lumbrichoides, Entamoeba coli, 6). Penyebab diare dari hasil PCR multipleks bakteri yang terbanyak adalah Campylobacter dan Shigella, 7). Penyebab diare dari hasil PCR multipleks virus yang terbanyak adalah Rotavirus group A, 8). Hasil PCR multipleks E.coli 44% merupakan nondiarrheagenic E.coli dan 56 % merupakan diarrheagenic E.coli, 9). Hasil analisis genetika secara keseluruhan dengan menggunakan metode RT-PCR didapat total 86% spesimen memberikan hasil positif terhadap Rotavirus.

Kata kunci : diare, bakteri, virus, parasit, faktor risiko