Proses reformasi di segala bidang merupakan peke jam besar bagi seluruh aparat pemerintah termasuk di dalamnya Departemen Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial. Di Bidang kesehatan dengan dicanangkannya pelaksanaan Desentralisasi mempunyai dampak yang tidak ringan. Proses Desentralisasi di Bidang Kesehatan berdasarkan pada UU No. 22 tahun 1999 tentang Otonomi Daerah dan UU No. 25 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah serta PP No. 25 tahun 2000 tentang wewenang Pusat dan Provinsi di Bidang Kesehatan dan PP No. 84 tahun 2000 tentang Organisasi Pemerintahan. Penerapan UU dan PP tersebut tidak hanya berdampak pada perubahan struktur organisasi jajaran kesehatan tetapi juga pada pelaksanaan program yang nantinya harus digarap serta mana yang menjadi beban pusat dan mana yang mampu dipikul oleh daerah menjadi issue yang sangat relevan untuk dikaji. Penelitian atau kajian ini bermaksud untuk memperoleh gambaran sampai seberapa jauh aparat kesehatan dan Pemda setempat merencanakan dan mempersiapkan din untuk menghadapi penerapan otonomi daerah serta mengantisipasi konsekuensi dan dampak yang akan timbul di era Desentralisasi nanti.